ฐานข้อมูลพรรณไม้องค์การสวนพฤกษศาสตร์เป็นแหล่งรวมรวมข้อมูลทางด้านพืชหรือพรรณไม้ ที่มีจัดแสดงอยู่ในสวนพฤกษศาสตร์สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พรรณไม้ต่างๆที่ถูกเก็บรักษาตัวอย่างไว้ เป็นตัวอย่างพรรณไม้แห้ง พรรณไม้ต่างๆที่เกี่ยวข้องกับหนังสือที่ทางองค์การสวนพฤกษศาสตร์เป็นผู้มีพิมพ์และพรรณไม้จากแหล่งข้อมูลอื่นทั่วไปโดย ณ ปัจจุบันนี้องค์การได้จัดแบ่งข้อมูลที่มีทั้งหมดเป็นฐานข้อมูลที่แยกกันออกไปตามวิธีการจัดเก็บและแหล่งที่มา ซึ่งฐานข้อมูลทั้งหมดที่มีประกอบด้วย ฐานข้อมูลพรรณไม้มีชีวิต ฐานข้อมูลตัวอย่างพรรณไม้แห้ง ฐานข้อมูลพฤกษศาสตร์พื้นบ้าน ฐานข้อมูลพรรณไม้ที่ถูกคุกคามและข้อมูลพรรณไม้หนังสือ